Ateneo - UPO

Il corso si propone di fornire allo studente le conoscenze fondamentali riguardanti la visualizzazione grafica di entità chimiche (proteine, molecole).

Dispense fornite a lezione.

1. Conoscenze e capacità di comprensione. Al termine del corso lo studente conoscerà e comprenderà i concetti base della visualizzazione molecolare, in particolare lo studente verrà istruito sulle tecniche utilizzate per supportare il drug design.
2. Capacità di applicare le conoscenze e la comprensione. Lo studente sarà in grado di applicare le conoscenze e la comprensione acquisite al riconoscimento delle strutture chimiche nello spazio 3D, alla discussione delle loro interazioni, e alla loro rappresentazione grafica.
3. Gestione delle conoscenze acquisite al fine dell'espressione di giudizi relativi alle strutture 3D di molecole e proteine. Inoltre, allo studente verranno forniti gli strumenti necessari per applicare queste capacità alla valutazione critica alle figure degli articoli scientifici.
4. Abilità nella comunicazione, nel sapere illustrare, anche in modo originale, una molecola o una proteina utilizzando i software trattati a lezione.
5. Capacità di apprendere e imparare a gestire in modo dinamico, e il più possibile autonomo, il proprio insieme di conoscenze sulla struttura di molecole e proteine.

E’ consigliata allo studente una buona conoscenza di biologia
generale, biochimica, farmacologia generale, e chimica farmaceutica.

Il corso consiste in lezioni frontali con il supporto di slide che vengono fornite agli
studenti all'inizio del corso. Si presenteranno gli argomenti sia generali che specifici
del corso, fornendo le nozioni essenziali per la comprensione dell'argomento
trattato e, anche cercando di aprire discussioni con gli studenti. All’interno della pagina del corso sul D.I.R. (http://www.dir.uniupo.it) è attivo un forum per favorire la discussione condivisa (docente-studenti, studente-studenti) delle tematiche trattate nel corso.
Nel caso l'emergenza COVID19 si prolungasse, le lezioni verranno svolte registrandole e caricandole su Youtube con link nel corso su DIR. A richiesta, verranno organizzati question time su Google meet.

Per ulteriori informazioni, si prega di consultare la pagina del corso su D.I.R. all'indirizzo http://www.dir.uniupo.it

Prova pratica in aula informatica con discussione orale dei risultati: lo studente dovrà dimostrare di saper creare una visualizzazione molecolare utilizzando le tecniche affrontate nel corso.

Il corso di “Visualizzazione molecolare” è finalizzato a descrivere i programmi e le tecniche di interesse in campo scientifico per una corretta divulgazione di dati complessi quali le strutture molecolari. I temi trattati saranno i seguenti:
• Storia della rappresentazione delle molecole
• Database di riferimento per strutture di composti organici e proteine
• Programmi più diffusi per la visualizzazione molecolare
• Scaricare, caricare e visualizzazione base di un modello
• Interazione con i modelli molecolari nello spazio virtuale
• Misurazione delle caratteristiche molecolari
• Proprietà superficiali
• Analisi delle interazioni proteina-inibitore
• Allineamento 3D di strutture
• Creazione di immagini ad alta definizione
• Gestione delle raffigurazioni multiple (o scene)
• Creazione di animazioni
• Editing molecolare
• Scripting

Lo studente al termine del corso avrà appreso gli aspetti fondamentali necessari per rappresentare correttamente le strutture chimico-biologiche.