Ateneo - UPO

Il corso fornisce agli studenti conoscenze sulla struttura e funzione delle comunità microbiche e in particolare sul microbiota intestinale umano. Verranno descritte le principali metodologie impiegate per lo studio e l’analisi del microbiota.

Libro suggerito: Jacques Izard and Maria Rivera “Metagenomics for Microbiology”

Il corso si propone di insegnare allo studente il significato e l’importanza della metagenomica. Si forniranno agli studenti gli strumenti per la comprensione delle metodologie impiegate in questa disciplina, dal next generation sequencing (NGS) all’analisi bioinformatica dei dati.

Gli studenti devono avere una conoscenza di base della biologia molecolare e della genetica.

Lezioni frontali mediante presentazioni PowerPoint su schermo

Il controllo dell'apprendimento verrà effettuato mediante discussione collegiale degli argomenti trattati

Esame orale. La prova orale prevede alcune domande sui principali argomenti del programma e/o la discussione di articoli scientifici presentati durante il corso. Per il superamento della verifica lo studente deve dimostrare di conoscere e di aver compreso i concetti fondamentali della materia di studio e di essere in grado di esporli in modo comprensibile e scientificamente corretto.

Descrizione delle principali piattaforme di Next Generation Sequencing (NGS) e format dei file dati NGS.
Introduzione alla metagenomica e metatrascrittomica, e loro potenziali applicazioni nella fisiopatologia umana.
Sequenziamento del 16S rRNA: applicazioni, vantaggi e svantaggi
Sequenziamento shotgun: applicazioni, vantaggi e svantaggi
Post-processing di genomi di assemblaggio de novo: controlli di qualità e ulteriori analisi (metaproteomica)
Metatrascrittomica: analogie e differenze rispetto alla metagenomica (cenni)
Cenni sui principali strumenti per l'analisi dei dati di metagenomica

"Comprendere" l’importanza della metagenomica per rilevare la diversità genetica e tassonomica delle comunità microbiche, con particolare riferimento al microbiota intestinale umano e alle sue possibili implicazioni sulla salute. "Conoscere" le tecniche di sequenziamento high-throughput, quelle di analisi dei dati e, teoricamente, saperle applicare.
"Abilità comunicative": capacità di esporre gli argomenti del corso in modo chiaro e comprensibile e con l’uso della corretta terminologia scientifica.
"Capacità di apprendimento": approfondire le proprie conoscenze della metagenomica sulle pubblicazioni scientifiche, per seguire con atteggiamento critico l'avanzamento della disciplina.