Ateneo - UPO

Il corso si propone di fornire alla studentessa e allo studente le conoscenze fondamentali riguardanti la visualizzazione grafica di entità chimiche (proteine, molecole).

Dispense fornite a lezione.

Conoscenze e capacità di comprensione: Al termine del corso la studentessa e lo studente conosceranno e comprenderanno i concetti base della visualizzazione molecolare, in particolare saranno istruiti sulle tecniche utilizzate per supportare il drug design.
Capacità di applicare le conoscenze e la comprensione: La studentessa e lo studente saranno in grado di applicare le conoscenze e la comprensione acquisite al riconoscimento delle strutture chimiche nello spazio 3D, alla discussione delle loro interazioni e alla loro rappresentazione grafica.
Gestione delle conoscenze acquisite: La studentessa e lo studente saranno in grado di esprimere giudizi relativi alle strutture 3D di molecole e proteine, utilizzando gli strumenti necessari per la valutazione critica delle figure negli articoli scientifici.
Abilità nella comunicazione: La studentessa e lo studente sapranno illustrare in modo originale una molecola o una proteina utilizzando i software trattati a lezione.
Capacità di apprendere: La studentessa e lo studente impareranno a gestire in modo dinamico e autonomo le conoscenze sulla struttura di molecole e proteine.

E’ consigliata allo studente una buona conoscenza di biologia
generale, biochimica, farmacologia generale, e chimica farmaceutica.

Il corso consiste in lezioni frontali con il supporto di slide che vengono fornite agli
studenti all'inizio del corso. Si presenteranno gli argomenti sia generali che specifici
del corso, fornendo le nozioni essenziali per la comprensione dell'argomento
trattato e, anche cercando di aprire discussioni con gli studenti. All’interno della pagina del corso sul D.I.R. (http://www.dir.uniupo.it) è attivo un forum per favorire la discussione condivisa (docente-studenti, studente-studenti) delle tematiche trattate nel corso.

Per ulteriori informazioni, si prega di consultare la pagina del corso su D.I.R. all'indirizzo http://www.dir.uniupo.it

Le studentesse e gli studenti con disabilità o con Disturbi Specifici dell’Apprendimento (DSA) o con Bisogni Educativi Speciali (BES) possono richiedere servizi e strumenti specifici a loro dedicati rivolgendosi allo Staff Sviluppo e Coordinamento Carriere e Servizi alle Studentesse e agli Studenti e consultando la pagina dedicata del sito di Ateneo: https://uniupo.it/it/servizi/servizi-studenti-disabili-e-dsa

Le studentesse e gli studenti con disabilità, DSA, BES, una volta preso contatto con lo Staff di Ateneo, possono contattare la/il docente titolare dell'insegnamento in relazione alla declinazione delle modalità di esame, in merito agli aspetti didattici.

Prova pratica in aula informatica con discussione orale dei risultati: la studentessa e lo studente dovranno dimostrare di saper creare una visualizzazione molecolare utilizzando le tecniche affrontate nel corso.

Il corso di “Visualizzazione molecolare” è finalizzato a descrivere i programmi e le tecniche di interesse in campo scientifico per una corretta divulgazione di dati complessi quali le strutture molecolari. I temi trattati saranno i seguenti:
• Storia della rappresentazione delle molecole
• Database di riferimento per strutture di composti organici e proteine
• Programmi più diffusi per la visualizzazione molecolare
• Scaricare, caricare e visualizzazione base di un modello
• Interazione con i modelli molecolari nello spazio virtuale
• Misurazione delle caratteristiche molecolari
• Proprietà superficiali
• Analisi delle interazioni proteina-inibitore
• Allineamento 3D di strutture
• Creazione di immagini ad alta definizione
• Gestione delle raffigurazioni multiple (o scene)
• Creazione di animazioni
• Editing molecolare
• Scripting

La studentessa e lo studente al termine del corso avranno appreso gli aspetti fondamentali necessari per rappresentare correttamente le strutture chimico-biologiche.