Ateneo - UPO

L'obiettivo del corso è introdurre le studentesse e gli studenti ai principi principali delle simulazioni computerizzate di entità chimiche (composti, proteine).

Andreas Kukol, "Molecular Modeling of Proteins", English | 2014 | ISBN: 1493914642. https://link.springer.com/book/10.1007/978-1-4939-1465-4

Nathan Brown, "In Silico Medicinal Chemistry: Computational Methods to Support Drug Design", English | 2015 | ISBN: 978-1-78262-163-8. https://pubs.rsc.org/en/content/ebook/978-1-78262-163-8

1. Conoscenze. Al termine del corso, le studentesse e gli studenti dovranno conoscere i principali metodi attualmente utilizzati nella simulazione di sistemi di interesse chimico-biologico. In particolare, dovranno essere consapevoli delle principali tecniche computazionali utili sia per il calcolo delle energie e delle geometrie molecolari, sia per l'analisi conformazionale di piccole molecole (farmaci, ligandi endogeni) e macromolecole (proteine e acidi nucleici).
2. Capacità di applicare le conoscenze. Le studentesse e gli studenti dovranno essere in grado di identificare la procedura più appropriata per risolvere alcuni problemi chimico-biologici che verranno proposti durante il corso. Dovranno inoltre saper utilizzare alcuni software di modellizzazione di base per prevedere la struttura tridimensionale delle proteine e l'associazione farmaco-recettore.

Conoscenze di base in chimica generale, chimica organica, fisica e biochimica.

Il corso si svolge con il supporto di diapositive, che vengono fornite alle studentesse e agli studenti all'inizio delle lezioni. Saranno introdotti argomenti generali e specifici, fornendo i concetti di base per la comprensione di ciascun tema, e saranno tenute discussioni con le studentesse e gli studenti. Gli argomenti trattati in classe saranno oggetto di esercizi/simulazioni attraverso l'uso di programmi complessi di modellizzazione molecolare.

Per ulteriori informazioni, si prega di consultare la pagina del corso su D.I.R. all'indirizzo http://www.dir.uniupo.it
Le studentesse e gli studenti con disabilità o con Disturbi Specifici dell’Apprendimento (DSA) o con Bisogni Educativi Speciali (BES) possono richiedere servizi e strumenti specifici a loro dedicati rivolgendosi allo Staff Sviluppo e Coordinamento Carriere e Servizi alle Studentesse e agli Studenti e consultando la pagina dedicata del sito di Ateneo: https://uniupo.it/it/servizi/servizi-studenti-disabili-e-dsa
Le studentesse e gli studenti con disabilità, DSA, BES, una volta preso contatto con lo Staff di Ateneo, possono contattare la/il docente titolare dell'insegnamento in relazione alla declinazione delle modalità di esame, in merito agli aspetti didattici.

Vedere la scheda dell’insegnamento generale.

Introduzione alla chemioinformatica:
Gestione delle informazioni strutturali dei composti.
Database pubblici di composti.
Similarità dei composti:
Screening virtuale basato su ligandi.
Database pubblici di proteine.
Gestione delle informazioni strutturali delle proteine.
Interazioni proteina-ligando.
Farmacofori:
Screening virtuale basato sulla struttura.

Al termine del corso, le studentesse e gli studenti avranno appreso gli aspetti fondamentali necessari per simulare correttamente le strutture chimico-biologiche.