Laurea Magistrale in Informatica

Didattica erogata

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Insegnamento
Apprendimento ed estrazione di conoscenza
Codice
MF0064
Anno Accademico
2015/2016
Anno regolamento
2014/2015
Corso di studio
INFORMATICA
Curriculum
CORSO GENERICO
Responsabile didattico
GIORDANA Attilio
CFU
9
Settore Scientifico Disciplinare (SSD)
INF/01 - INFORMATICA
Tipo di insegnamento
Attività formativa integrata
Fruizione insegnamento
OPZ
Anno
2
Periodo
Primo Semestre
Sede
ALESSANDRIA
Tipo di valutazione
V
Lingua insegnamento
Inglese
English
Contenuti
Apprendimento Automatico: Modelli grafici: rappresentazione e inferenza Estrazione della Conoscenza: Metodi di apprendimento di modelli grafici
Automatic Learning: Graphical models: representation and inference Knowledge Extraction: Learning graphical models
Testi di riferimento
Documentazione reperibile sul sito del corso.
Documentation and material are provided by the teacher (on the web site of the course)
Obiettivi formativi
Apprendimento Automatico: Fornire allo studente le conoscenze necessarie per usare modelli grafici nelle applicazioni Estrazione della Conoscenza: Approfondire le conoscenze relative all’apprendimento ed estrazione di conoscenza, con particolare attenzione all’apprendimento automatico di modelli grafici. 
Automatic Learning: To provide detailed knowledge of the inference on and of use of graphical models. Knowledge Extraction: To provide the means to learn graphical models for applications.
Prerequisiti
Conoscenze acquisite nei corsi di algoritmi e programmazione della laurea triennale.
Knowledge acquired in the undergraduate courses in algorithms and programming.
Metodi didattici
Lezioni frontali in aula ed esercitazioni
Frontal lessons and applications
Altre informazioni
Apprendimento Automatico: Durante il corso vengono fatte esercitazioni. Estrazione della Conoscenza: Durante il corso possono essere forniti agli studenti degli esercizi da svolgere
Automatic Learning: During the courses practical sessions will be offered to the students Knowledge Extraction: During the course exercises might be provided to the students
Modalità di verifica dell'apprendimento
Progetto ed Esame orale
Project and Oral Exam
Programma esteso
Apprendimento Automatico: 1. Reti Bayesiane: Modello generativo, Variabili discrete, Modelli lineari Gaussiani 2. Indipendenza condizionale: D-separazione 3. Markov Random Fields (Reti di Markov): Indipendenza condizionale, Fattorizzazione, Relazione con le Reti Bayesiane 4. Inferenza nei modelli grafici: Inferenza su catene, alberi e factor graphs, L’algoritmo somma-prodotto, L’algoritmo max-sum, Inferenza esatta in grafi generici, Propagazione ciclica di belief, Apprendimento della struttura del grafo 5. Modelli misti e Algoritmo EM: Algoritmo K-Means, Miscela di Gaussian, EM per miscele di Gaussiane, Una visione alternativa dell’EM, Algoritmo EM generico 6. Modelli di Markov e Modelli di Markov nascosti (HMM): Massima verosimiglianza nei Modelli di Markov, Algoritmo forward-backward, Algoritmo somma-prodotto per gli HMM, Algoritmo di Viterbi, Estensione degli HMM 7. Modelli dinamici lineari (LDS): Inferenza negli LDS, Apprendimento negli LDS, Estensione degli LDS Estrazione della Conoscenza: 1. Linguaggi logici e inferenza: Nozioni di base sulla Logica dei Predicati, Sussunzione 2. Reti di Markov come distribuzioni di probabilità. Reti di Markov logiche. 3. Inferenza approssimata: Markov chain Monte Carlo, Rejection sampling, Gibbs sampling 4. Apprendimento di modelli relazionali probabilistici: Definizione del problema, Apprendimento della struttura, Apprendimento dei parametri. 5. Apprendimento di Reti di Markov: Operazioni per l’apprendimento di modelli grafici 6. Apprendimento di programmi logici Bayesiani: Apprendimento della struttura, Apprendimento dei parametri, Metodo dei test di indipendenza. Apprendimento di Reti di Markov Logiche.
Automatic Learning: 1. Bayesian Networks: Generative models, Discrete variables, Linear-Gaussian models 2. Conditional Independence: Three example graphs, D-separation. 3. Markov Random Fields: Conditional independence properties, Factorization properties, Relation to Bayesian Networks. 4. Inference in Graphical Models: Inference on a chain, Trees, Factor graphs, The sum-product algorithm, The max-sum algorithm, Exact inference in general graphs, Loopy belief propagation, Learning the graph structure. 5. Mixture Models and EM: K-means Clustering, Mixtures of Gaussians ,EM for Gaussian mixtures, An Alternative View of EM, he EM Algorithm in general. 6. Markov Models and Hidden Markov Models: Maximum likelihood for the HMM, The forward-backward algorithm, The sum-product algorithm for the HMM, The Viterbi algorithm, Extensions of the hidden Markov model. 7. Linear Dynamical Systems: Inference in LDS, Learning in LDS, Extensions of LDS. Knowledge Extraction: 1. Basic notion of Predicate Logics 2. Markov networks as probability distributions. Logical Markov Networks. 3. Approximate inference: Markov Chain Monte Carlo, Rejection sampling, Gibbs sampling. 4. Learning probabilistic relational model: Problem position, Structure learning, Parameter learning. 5. Learning Markov networks: Operations for Learning with Graphical Models 6. Principles of learning Bayesian logic programs: Learning the structure and the parameters Learning based on independence tests. Learning Logical Markov Networks.
Moduli
Codice Insegnamento Settore Scientifico Disciplinare (SSD) Docenti Agenda web
MF0065Apprendimento automatico INF/01 - INFORMATICA Giordana Attilio
MF0066Estrazione di conoscenza INF/01 - INFORMATICA Saitta Lorenza
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Insegnamento
Apprendimento ed estrazione di conoscenza: Apprendimento automatico
Codice
MF0065
Anno Accademico
2015/2016
Anno regolamento
2014/2015
Corso di studio
INFORMATICA
Curriculum
CORSO GENERICO
Responsabile didattico
GIORDANA Attilio
CFU
6
Ore di lezione
48
Ore di studio individuale
102
Settore Scientifico Disciplinare (SSD)
INF/01 - INFORMATICA
Tipo di insegnamento
Modulo di sola Frequenza
Fruizione insegnamento
OPZ
Categoria insegnamento
B
Anno
2
Periodo
Primo Semestre
Sede
ALESSANDRIA
Tipo di valutazione
G
Lingua insegnamento
Inglese.
English.
Contenuti
Apprendimento Automatico: Modelli grafici: rappresentazione e inferenza Estrazione della Conoscenza: Metodi di apprendimento di modelli grafici
Automatic Learning: Graphical models: representation and inference Knowledge Extraction: Learning graphical models
Testi di riferimento
Documentazione reperibile sul sito del corso.
Documentation and material are provided by the teacher (on the web site of the course).
Obiettivi formativi
Apprendimento Automatico: Fornire allo studente le conoscenze necessarie per usare modelli grafici nelle applicazioni Estrazione della Conoscenza: Approfondire le conoscenze relative all’apprendimento ed estrazione di conoscenza, con particolare attenzione all’apprendimento automatico di modelli grafici. 
Automatic Learning: To provide detailed knowledge of the inference on and of use of graphical models. Knowledge Extraction: To provide the means to learn graphical models for applications.
Prerequisiti
Conoscenze acquisite nei corsi di algoritmi e programmazione della laurea triennale.
Knowledge acquired in the undergraduate courses in algorithms and programming.
Metodi didattici
Lezioni frontali in aula ed esercitazioni
Frontal lessons and applications
Altre informazioni
Apprendimento Automatico: Durante il corso vengono fatte esercitazioni. Estrazione della Conoscenza: Durante il corso possono essere forniti agli studenti degli esercizi da svolgere
Automatic Learning: During the courses practical sessions will be offered to the students Knowledge Extraction: During the course exercises might be provided to the students
Modalità di verifica dell'apprendimento
Progetto ed Esame orale
Project and Oral Exam
Programma esteso
Apprendimento Automatico: 1. Reti Bayesiane: Modello generativo, Variabili discrete, Modelli lineari Gaussiani 2. Indipendenza condizionale: D-separazione 3. Markov Random Fields (Reti di Markov): Indipendenza condizionale, Fattorizzazione, Relazione con le Reti Bayesiane 4. Inferenza nei modelli grafici: Inferenza su catene, alberi e factor graphs, L’algoritmo somma-prodotto, L’algoritmo max-sum, Inferenza esatta in grafi generici, Propagazione ciclica di belief, Apprendimento della struttura del grafo 5. Modelli misti e Algoritmo EM: Algoritmo K-Means, Miscela di Gaussian, EM per miscele di Gaussiane, Una visione alternativa dell’EM, Algoritmo EM generico 6. Modelli di Markov e Modelli di Markov nascosti (HMM): Massima verosimiglianza nei Modelli di Markov, Algoritmo forward-backward, Algoritmo somma-prodotto per gli HMM, Algoritmo di Viterbi, Estensione degli HMM 7. Modelli dinamici lineari (LDS): Inferenza negli LDS, Apprendimento negli LDS, Estensione degli LDS Estrazione della Conoscenza: 1. Linguaggi logici e inferenza: Nozioni di base sulla Logica dei Predicati, Sussunzione 2. Reti di Markov come distribuzioni di probabilità. Reti di Markov logiche. 3. Inferenza approssimata: Markov chain Monte Carlo, Rejection sampling, Gibbs sampling 4. Apprendimento di modelli relazionali probabilistici: Definizione del problema, Apprendimento della struttura, Apprendimento dei parametri. 5. Apprendimento di Reti di Markov: Operazioni per l’apprendimento di modelli grafici 6. Apprendimento di programmi logici Bayesiani: Apprendimento della struttura, Apprendimento dei parametri, Metodo dei test di indipendenza. Apprendimento di Reti di Markov Logiche.
Automatic Learning: 1. Bayesian Networks: Generative models, Discrete variables, Linear-Gaussian models 2. Conditional Independence: Three example graphs, D-separation. 3. Markov Random Fields: Conditional independence properties, Factorization properties, Relation to Bayesian Networks. 4. Inference in Graphical Models: Inference on a chain, Trees, Factor graphs, The sum-product algorithm, The max-sum algorithm, Exact inference in general graphs, Loopy belief propagation, Learning the graph structure. 5. Mixture Models and EM: K-means Clustering, Mixtures of Gaussians ,EM for Gaussian mixtures, An Alternative View of EM, he EM Algorithm in general. 6. Markov Models and Hidden Markov Models: Maximum likelihood for the HMM, The forward-backward algorithm, The sum-product algorithm for the HMM, The Viterbi algorithm, Extensions of the hidden Markov model. 7. Linear Dynamical Systems: Inference in LDS, Learning in LDS, Extensions of LDS. Knowledge Extraction: 1. Basic notion of Predicate Logics 2. Markov networks as probability distributions. Logical Markov Networks. 3. Approximate inference: Markov Chain Monte Carlo, Rejection sampling, Gibbs sampling. 4. Learning probabilistic relational model: Problem position, Structure learning, Parameter learning. 5. Learning Markov networks: Operations for Learning with Graphical Models 6. Principles of learning Bayesian logic programs: Learning the structure and the parameters Learning based on independence tests. Learning Logical Markov Networks.
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Insegnamento
Apprendimento ed estrazione di conoscenza: Estrazione di conoscenza
Codice
MF0066
Anno Accademico
2015/2016
Anno regolamento
2014/2015
Corso di studio
INFORMATICA
Curriculum
CORSO GENERICO
Responsabile didattico
SAITTA Lorenza
Docenti
CFU
3
Ore di lezione
24
Ore di studio individuale
51
Settore Scientifico Disciplinare (SSD)
INF/01 - INFORMATICA
Tipo di insegnamento
Modulo di sola Frequenza
Fruizione insegnamento
OPZ
Categoria insegnamento
C
Anno
2
Periodo
Primo Semestre
Sede
ALESSANDRIA
Tipo di valutazione
G
Lingua insegnamento
Inglese.
English.
Contenuti
Metodi di apprendimento di modelli grafici
Learning graphical models
Testi di riferimento
Documentazione reperibile sul sito del corso.
Documentation and material are provided by the teacher (on the web site of the course).
Obiettivi formativi
Approfondire le conoscenze relative all’apprendimento ed estrazione di conoscenza, con particolare attenzione all’apprendimento automatico di modelli grafici. 
To provide the means to learn graphical models for applications.
Prerequisiti
Conoscenze acquisite nei corsi di algoritmi della laurea triennale.
Knowledge acquired in the undergraduate courses in algorithms
Metodi didattici
Lezioni frontali in aula ed esercitazioni
Frontal lessons and applications
Altre informazioni
Durante il corso possono essere forniti agli studenti degli esercizi da svolgere
During the course exercises might be provided to the students
Modalità di verifica dell'apprendimento
Progetto ed Esame orale
Project and Oral Exam
Programma esteso
1. Linguaggi logici e inferenza: Nozioni di base sulla Logica dei Predicati, Sussunzione 2. Reti di Markov come distribuzioni di probabilità. Reti di Markov logiche. 3. Inferenza approssimata: Markov chain Monte Carlo, Rejection sampling, Gibbs sampling 4. Apprendimento di modelli relazionali probabilistici: Definizione del problema, Apprendimento della struttura, Apprendimento dei parametri. 5. Apprendimento di Reti di Markov: Operazioni per l’apprendimento di modelli grafici 6. Apprendimento di programmi logici Bayesiani: Apprendimento della struttura, Apprendimento dei parametri, Metodo dei test di indipendenza. Apprendimento di Reti di Markov Logiche.
1. Basic notion of Predicate Logics 2. Markov networks as probability distributions. Logical Markov Networks. 3. Approximate inference: Markov Chain Monte Carlo, Rejection sampling, Gibbs sampling. 4. Learning probabilistic relational model: Problem position, Structure learning, Parameter learning. 5. Learning Markov networks: Operations for Learning with Graphical Models 6. Principles of learning Bayesian logic programs: Learning the structure and the parameters Learning based on independence tests. Learning Logical Markov Networks.
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Insegnamento
ALGORITMI E STRUTTURE DATI III
Codice
S0787
Anno Accademico
2015/2016
Anno regolamento
2015/2016
Corso di studio
INFORMATICA
Curriculum
CORSO GENERICO
Responsabile didattico
SAITTA Lorenza
Docenti
CFU
6
Ore di lezione
48
Ore di studio individuale
102
Settore Scientifico Disciplinare (SSD)
INF/01 - INFORMATICA
Tipo di insegnamento
Attività formativa monodisciplinare
Fruizione insegnamento
OPZ
Categoria insegnamento
B
Anno
1
Periodo
Primo Semestre
Sede
ALESSANDRIA
Tipo di valutazione
V
Lingua insegnamento
Italiano.
Italian.
Contenuti
1) Algoritmi stocastici (Monte Carlo, Las vegas, Sherwood, Algoritmi genetici) Algoritmi in cui è presente almeno un passo stocastico, che genera come uscita, al posto di un risultato deterministico,  una distribuzione di probability su un insieme noto di risultati.  Sono molto usati in problemi di ottimizzazione e in problemi il cui comportamento esatto è impossibile da determinare. In questi secondo caso, alla soluzione esatta si sostituisce una simulazione del comportamento del sistema accoppiato con una stima dell’errore.   2) Soluzioni approssimate di problemi NP-Hard. Quando si ha a che fare con un problema intrattatibile, un modo di procedere è quello di risolverlo in modo approssimato, facendo un compromesso tra l’esattezza della soluzione e la complessità computazionale. Usando questo approccio è molto importante valutare la qualità dell’approssimazione, calcolando, quando possibile, di quanto si possono discostare, al massimo, la soluzione esatta e quella approssimata.   3) Reti complesse Le reti complesse sono grafi con numeri di nodi e archi molto elevati (anche dell'ordine dei  miliardi). Esse rappresentano sistemi complessi a struttura relazionale, del tipo di Internet, dei sistemi telefonici, delle reti di comunicazione e, con grande sviluppo negli anni più recenti, delle reti dociali (Facebook, Twitter, ...). Data le dimensioni di una rete complessa, non è possibile studiarne il comportamento in modo dettagliato, ma, al contrario, si usano dei parameri globali per caratterizzarne le proprietà (distribuzione dei gradi, coefficiente di clustering, betweenness, ...).
 Stocastic algorithms Approximate solutions of  NP-hard problems Complex Nertworks
Testi di riferimento
Il corso fa uso di dispense del docente e articoli messi a disposizione sul Web.
Documentation and materials provided by the teacher (on the web site of the course).
Obiettivi formativi
Il corso ha lo scopo di fornire agli studenti una panoramica di metodi di programmazione avanzati, che permettono di estendere, anche se in modo approssimato, l’insieme dei problemi risolubili in pratica in modo efficiente.
The course provides an introduction to advanced algorithmic methods that extend the set of solvable problems, even though in an approximate way
Prerequisiti
Conoscenze acquisite nei corsi di Algoritmi e di Programmazione della laurea triennale. Calcolo delle Probabilità 
Knowledge acquired in the undergraduate courses on algorithms and programming. Also Probability calculus
Metodi didattici
Lezioni frontali.
Frontal lessons.
Altre informazioni
Durante il corso vengono forniti agli studenti degli esercizi da svolgere
During the course exercises will be given to the students.
Modalità di verifica dell'apprendimento
Progetto ed  Esame orale
Project and Oral exam
Programma esteso
1. Algoritmi stocastici    Algoritmi Monte Carlo, Las Vegas, Sherwood    Algoritmi Genetici, Tabu search, Simulated annealing 2. Algoritmi Approssimati     Tipi di approssimazione (garantita, additiva, moltiplicativa, ...)    Euristiche    Problema del Bin packing    Problema del Set Covering    Problema del Commesso viaggiatore 3. Reti Complesse   Tipi di reti (random, a piccolo mondo, scale-free)   Parametri ( Betweenness, Coeff. di clustering, Diametr, ...)    Comunità e metodi per individuarle
1. Stocastic algorithms    Las Vegas, Monte Carlo, and Sherwood algorithms    Genetic algorithms, Tabu Search, Simulated annealing 2. Approximate solutions of  NP-hard problems    Types of approximations     Bin Packing     Set covering     Traveling salesman problem 3. Complex Nertworks    Erdös-Renyi Random graphs, Small-world networks, Scale-free    networks    Characterizing measures (Beteewnness, Clustering coefficient, and others).    Communities and algorithms for community detection.
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Insegnamento
BIOINFORMATICA
Codice
MF0126
Anno Accademico
2015/2016
Anno regolamento
2015/2016
Corso di studio
INFORMATICA
Curriculum
CORSO GENERICO
Responsabile didattico
MANZINI Giovanni
CFU
6
Settore Scientifico Disciplinare (SSD)
BIO/11 - BIOLOGIA MOLECOLARE, INF/01 - INFORMATICA
Tipo di insegnamento
Attività formativa integrata
Fruizione insegnamento
OPZ
Anno
1
Periodo
Secondo Semestre
Sede
ALESSANDRIA
Tipo di valutazione
V
Lingua insegnamento
Italiano
Italian
Contenuti
Introduzione ai principali algoritmi e strutture dati per problemi di matching e allineamento di biosequenze.
Introduction to the main algorithms and data structures for matching and alignment problems for biosequences.
Testi di riferimento
N. Jones, P. Pevzner. An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, 2004. V. Mäkinen, D. Belazzougui, F. Cunial, A. Tomescu Genome-Scale Algorithm Design, Cambridge University Press, 2015
N. Jones, P. Pevzner. An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, 2004. V. Mäkinen, D. Belazzougui, F. Cunial, A. Tomescu Genome-Scale Algorithm Design, Cambridge University Press, 2015
Obiettivi formativi
Fornire un'introduzione all'utilizzo di linguaggi di scripting per automatizzare la manipolazione di dati di interesse bioinformatico. Descrizione dei principali algoritimi e strutture dati per l'allineamento delle sequenze. Illustrare le principali problematiche, algoritmi, e strutture dati per i problemi di matching e allineamento che vengono affrontati in bioinformatica.
Describe bioinformatics data analysis automation through scripting languages. Describe main algorithms and data structures for sequence alignment. Describe the main approaches, algorithms and data structures for bioinformatics matching and alignment problems.
Prerequisiti
Nessun prerequisito per gli studenti della laurea magistrale. I corsi di Programmazione 1 e 2, Algoritmi e Strutture Dati 1 e 2 per gli studenti della laurea triennale.
Advanced courses on Computer Programming and Algorithms.
Metodi didattici
Lezioni frontali in aula e esercitazioni in laboratorio.
Standard lectures and programming sessions in the computer lab
Altre informazioni
Controllo dell'apprendimento in itinere: durante il corso vengono svolte delle esercitazioni in laboratorio sotto la supervisione di un docente.
Monitoring the learning process: during the course the students will complete assigments in the computer lab under the supervision of a teacher.
Modalità di verifica dell'apprendimento
Esame scritto consistente in da 2 a 4 esercizi riguardanti argomenti diversi affrontati nel corso. Esame orale consistente nella discussione di progetto di programmazione realizzato dallo studente. Il voto finale terrà conto della valutazione ottenuta dal progetto e dai singole esercizi
Written exam consisting in 2-4 exercises on different course topics. Oral exam consisting in the discussion of a programming project. The final grade will be based on the score obtained on the exercises and on he project.
Programma esteso
Biologia Computazionale: Introduzione al linguaggio PERL. Soluzione del problema del Manhattan tourist mediante programmazione dinamica. Distanza di edit e calcolo della Longest Common Subsequence. Algoritmi per l'allineamento locale e globale (Smith-Waterman e Needleman-Wunsc). Algoritmi di allineamento euristici: FASTA e BLAST. Introduzione agli alberi dei suffissi. Allineamento di interi genomi (MUMmer). Introduzione agli Hidden Markov Model. Problema "Fair Bet Casino" ed estensione all'identificazione delle isole CpG. Algoritmi per la bioinformatica: String matching. Algoritmo KMP e Aho Corasik. Suffix Treee e Suffix Array. Trasformata di Burrows-Wheeler. Wavelet Trees. Operazionei Rank/Select. Indici compressi. Esempio di algoritmi di allineamento euristici: BWA e BWT-SW.
Computational Biology: Introduction to PERL language. Manhattan tourist problem solved by dynamic programming. Edit distance e Longest Common Subsequence. Local and global alignment algorithms Smith-Waterman e Needleman-Wunsc). FASTA and BLAST heuristic algorithms. Suffix tree and whole genome alignment (MUMer). Introduction to Hidden Markov Model. "Fair Bet Casino" problem and identification of CpG islands Advanced algorithms and data structures. String matching problem. KMP and Aho-Corsaik algoithms. Suffix Treee and Suffix Array. Burrows-Wheeler transform. Wavelet Trees and rnak/select operation. Compressed indices. Heuristic aligners: BWA and BWT-SW.
Moduli
Codice Insegnamento Settore Scientifico Disciplinare (SSD) Docenti Agenda web
MF0091Biologia computazionale BIO/11 - BIOLOGIA MOLECOLARE Mignone Flavio
MF0127Algoritmi per la Bioinformatica INF/01 - INFORMATICA Manzini Giovanni
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Insegnamento
BIOINFORMATICA: Biologia computazionale
Codice
MF0091
Anno Accademico
2015/2016
Anno regolamento
2015/2016
Corso di studio
INFORMATICA
Curriculum
CORSO GENERICO
Responsabile didattico
MIGNONE Flavio
Docenti
CFU
3
Ore di lezione
24
Ore di studio individuale
51
Settore Scientifico Disciplinare (SSD)
BIO/11 - BIOLOGIA MOLECOLARE
Tipo di insegnamento
Modulo di sola Frequenza
Fruizione insegnamento
OPZ
Categoria insegnamento
C
Anno
1
Periodo
Secondo Semestre
Sede
ALESSANDRIA
Tipo di valutazione
G
Lingua insegnamento
Italiano.
Italian.
Contenuti
Principali algoritmi e strutture dati utilizzate per problemi di matching e allineamento di biosequenze. Allienamenti locali, globali, di interi genomi mediante programmazione dinamica, HMM e suffix tree.
Main algorithms and data structures for matching and alignment problems for biosequences. Local and global alignments, whole genomes alignment using dynamic programming, HMM and suffix tree.
Testi di riferimento
N. Jones, P. Pevzner. An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, 2004.
N. Jones, P. Pevzner. An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, 2004.
Obiettivi formativi
Fornire un'introduzione all'utilizzo di linguaggi di scripting per automatizzare la manipolazione di dati di interesse bioinformatico. Descrizione dei principali algoritimi e strutture dati per l'allineamento delle sequenze.
Describe bioinformatics data analysis automation through scripting languages. Describe main algorithms and data structures for sequence alignment.
Prerequisiti
Nessun prerequisito
None
Metodi didattici
Lezioni frontali in aula e esercitazioni in laboratorio.
Lectures and laboratory sessions.
Altre informazioni
Durante l'anno vengono svolte delle esercitazioni di programmazione in laboratorio sugli argomenti trattati a lezione.
During the course students have to complete programming assignments on some on the topics discussed in classes.
Modalità di verifica dell'apprendimento
Prova scritta con eventuale prova orale e/o progetto.
Written and optional oral exam and/or programming project
Programma esteso
-Indroduzione al linguaggio PERL -Soluzione del problema del Manhattan tourist mediante programmazione dinamica -Distanza di edit e calcolo della Longest Common Subsequence -Algoritmi per l'allineamento locale e globale ( Smith-Waterman e Needleman-Wunsc) -Algoritmi di allineamento euristici: FASTA e BLAST -Introduzione agli alberi dei suffissi. Allineamento di interi genomi (MUMmer). -Introduzione agli Hidden Markov Model. Problema "Fair Bet Casino" ed estensione all'identificazione delle isole CpG.
-Introduction to PERL language -Manhattan tourist problem solved by dynamic programming -Edit distance e Longest Common Subsequence -Local and global alignment algorithms  Smith-Waterman e Needleman-Wunsc) -FASTA and BLAST heuristic algorithms -suffix tree and whole genome alignment (MUMer) -Introduction to Hidden Markov Model. "Fair Bet Casino" problem and identification of CpG islands
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Insegnamento
Algoritmi per la Bioinformatica
Codice
MF0127
Anno Accademico
2015/2016
Anno regolamento
2015/2016
Corso di studio
INFORMATICA
Curriculum
CORSO GENERICO
Responsabile didattico
MANZINI Giovanni
CFU
3
Ore di lezione
24
Ore di studio individuale
51
Settore Scientifico Disciplinare (SSD)
INF/01 - INFORMATICA
Tipo di insegnamento
Modulo di sola Frequenza
Fruizione insegnamento
OPZ
Categoria insegnamento
C
Anno
1
Periodo
Secondo Semestre
Sede
ALESSANDRIA
Tipo di valutazione
G
Lingua insegnamento
Italiano.
Italian.
Contenuti
Principali algoritmi e strutture dati utilizzate per problemi di matching e allineamento di biosequenze, tra cui: programmazione dinamica, HMM e algoritmo di di Viterbi, suffix tree, suffix array, BWT e suffix array compresso, algoritmi di allineamento euristici (bwa, bwt-sw).
Main algorithms and data structures for matching and alignment problems for biosequences, including: dynamic programming, HMM and Viterbi algorithm, suffix tree, suffix array, BWT and compressed suffix array, heuristic alignment algorithms (bwa, bw-sw).
Testi di riferimento
N. Jones, P. Pevzner. An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, 2004.
N. Jones, P. Pevzner. An Introduction to Bioinformatics Algorithms. MIT Press, 2004.
Obiettivi formativi
Illustrare le principali problematiche, algoritmi, e strutture dati per i problemi di matching e allineamento che vengono affrontati in bioinformatica.
Describe the main approaches, algorithms and data structures for bioinformatics matching and alignment problems.
Prerequisiti
Nessun prerequisito per gli studenti della laurea magistrale. I corsi di Programmazione 1 e 2, Algoritmi e Strutture Dati 1 e 2 per gli studenti della laurea triennale.
Advanced courses on Computer Programming and Algorithms.
Metodi didattici
Lezioni frontali in aula e esercitazioni in laboratorio.
Lectures and laboratory sessions.
Modalità di verifica dell'apprendimento
Prova scritta con esercizi di teoria. Chi ottiene la sufficienza alla prova scritta può sostenere la prova orale che riguarda tutti gli argomenti del corso. Per ottenere un voto superiore al 25 e' necessario svolgere anche un progetto di programmazione.
Written and oral exam. To get a grade higher than 25 a it is necessary to complete also a programming assignment.
Programma esteso
HMM e algoritmi di Viterbi. Suffix Treee e Suffix Array. Trasformata di Burrows-Wheeler. Wavelet Trees. Indici compressi. Esempio di algoritmi di allineamento euristici: BWA e BWT-SW.
HMM and Viterbi algorithms. Suffix Treee and Suffix Array. Burrows-Wheeler transform. Wavelet Trees. Compressed indices. Heuristic aligners: BWA and BWT-SW.
Stampa guida
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Anno Codice Insegnamento Docenti Settore Scientifico Disciplinare (SSD) Curriculum Sede CFU
1 S0787 ALGORITMI E STRUTTURE DATI III Saitta Lorenza INF/01 Tutti ALESSANDRIA 6
1 MF0126 BIOINFORMATICA Mignone Flavio, Manzini Giovanni BIO/11, INF/01 Tutti ALESSANDRIA 6
2 MF0064 Apprendimento ed estrazione di conoscenza Giordana Attilio, Saitta Lorenza INF/01 Tutti ALESSANDRIA 9
Dati aggiornati al: 06/02/2020, 16:41